2024年12月10日-正如之前報道的那樣，美國疾病控制與預防中心與加利福尼亞州公共衛生部（CDPH）合作，於2024年11月22日證實加利福尼亞州一名兒童感染了甲型H5N1禽流感病毒（H5N1禽流感）。該患者最初通過流感檢測被發現為疑似a（H5N1）病例，並通過流感監測報告給CDPH，斯坦福醫學臨床病毒學實驗室進行了初步亞型鑒定，CDPH於2024年11月19日報告了推定陽性檢測結果。
根據診斷測試期間確定的實時RT-PCR循環阈值（Ct）值，發現患者的鼻咽樣本中流感病毒RNA水平非常低。斯坦福醫學院和美國疾病控制與預防中心使用標准的下一代測序方法對病毒RNA進行測序的初步嘗試產生了弱擴增子，這是對使用Nanopore和Illumina測序方法進行測序的挑戰。此外，從樣本中分離病毒的努力也沒有成功。通過采用核酸富集技術，美國疾病控制與預防中心和斯坦福醫學院能夠生成以下病毒RNA序列數據：全長神經氨酸酶（NA）和核蛋白（NP）基因以及部分血凝素（HA）、聚合酶堿性2（PB2）和聚合酶堿性1（PB1）基因。美國疾病控制與預防中心和斯坦福醫學院已將A/California/192/2024的這些數據提交給GISAID和GenBank數據庫，登錄號分別為EPI_ISL_19597300和PQ724471-PQ724473。
基於HA和NA基因短片段的初步序列分析表明，該病毒是一種2.3.4.4b a（H5N1）病毒，類似於在美國引起奶牛和家禽疫情的病毒。在獲得全長NA和NP基因後，美國疾病控制與預防中心能夠進行全面的系統發育分析，結果表明該病毒與奶牛和家禽中檢測到的病毒非常相似，也與加利福尼亞州奶制品工人先前感染的a（H5N1）病毒非常相似。盡管生成的遺傳數據不足以將病毒歸類為特定的基因型，但NA和NP序列與最近在加利福尼亞州人類、奶牛和家禽中檢測到的B3.13病毒的NA和NP基因具有密切的核苷酸同一性和系統發育聚類。流行病學和環境調查沒有明確確定可能的暴露源。鑒於無法生成該病例的額外序列數據，因此不太可能確定兒童接觸A（H5N1）病毒的來源，從而完成對基因型和接觸的調查。
除了NA和NP基因的系統發育分析外，美國疾病控制與預防中心還對病毒樣本的序列進行了評估，以確定可能影響人類感染性或傳播性或降低對奧司他韋等抗病毒藥物易感性的分子變化。盡管部分HA序列缺少基因5´末端的部分，但與現有的2.3.4.4b分支候選疫苗病毒（CVV）相比，預測的抗原位點沒有額外的變化。病毒的受體結合結構域也沒有發現變化，表明該病毒保留了鳥類受體結合特性，沒有影響人類感染性或傳播性變化的突變。PB2和PB1基因沒有與哺乳動物適應相關的遺傳變化，NA序列數據中也沒有發現任何與降低對神經氨酸酶抑制劑（如奧司他韋）敏感性相關的遺傳改變。最後，序列數據證實，該病例的病毒與加拿大不列顛哥倫比亞省導致人類嚴重疾病的病毒沒有密切關系。總的來說，這些數據表明，在這例兒科病例中檢測到的病毒與美國檢測到的大多數其他甲型流感（H5N1）病毒非常相似，沒有相關突變的跡象。
雖然獲得的序列數據無法確定病毒基因型，也沒有確定特定的動物暴露源，但這些發現提供了重要的背景信息，並有助於為美國疾病控制與預防中心的整體風險評估提供信息。他們還強調了合作應對這一反應的價值，包括基於遺傳數據的病毒學風險評估。