高致病性禽流感（HPAI）病毒的2.3.4.4b分支在世界各地的野生和家禽中爆發，繼續在美國各地的奶牛、家禽和其他動物中傳播。自4月以來，美國疾病控制與預防中心通過基因組序列分析確認了58例人類病例。其中三例，在實驗室測試中發現氨基酸替代NA-S247N可能會略微降低對神經氨酸酶抑制劑奧司他韋的敏感性。美國疾病控制與預防中心還發現，從加利福尼亞州最近確診的H5N1禽流感病例中采集的病毒聚合酶酸性（PA）蛋白發生了不同的變化。
目前的疫情證實了高致病性禽流感病毒的不可預測性，因為奶牛的接觸途徑和病毒傳播方式仍然未知。在生牛奶中發現了高濃度的病毒RNA。奶牛場和家禽場的幾種動物以及越來越多的農場工人受到影響。美國農業部動植物衛生檢驗局的數據顯示，受感染奶牛、其他動物和農場工人體內的病毒密切相關。到目前為止，只有一名農場工人發現了哺乳動物適應標志物（E627K），幾乎所有農場工人都出現了輕微的眼部症狀和呼吸道症狀。盡管EpiFlu上已經提供了1000多個來自此次疫情的基因組，但缺乏及時共享從農場動物收集的可操作數據仍然是一個令人擔憂的問題。
12月9日，美國疾病控制與預防中心提供了11月12日在加利福尼亞州收集的一例人類病例的樣本數據，該序列與早些時候的加利福尼亞州樣本密切相關。此前，美國疾病控制與預防中心提供了11月7日至18日在加利福尼亞州收集的7例人類病例和11月5日在俄勒岡州收集的1例人類病例的樣本數據。雖然加利福尼亞州的病例似乎與奶牛身上收集的病毒密切相關，但俄勒岡州的病例與華盛頓州家禽養殖場工人的病例在遺傳樹分析時聚集在一起。
12月7日，美國農業部公布了10月22日在俄勒岡州收集的一例豬的第一個樣本數據，此外還有9月16日在加利福尼亞州收集的兩個奶牛樣本。美國農業部還公布了幾例禽類和362頭奶牛的病例，只給出了2024年的采集日期和美國的采集地點。如前所述，聚集在加利福尼亞州序列附近的幾個奶牛標本確實在以前與宿主受體結合變化相關的位置上存在HA S110N氨基酸置換。基於代表性子樣本的最新遺傳樹分析可追溯到2024年12月9日。