自2024年4月以來，高致病性禽流感（HPAI）病毒在世界各地的野生和家禽中爆發，至少在美國幾個州的奶牛場出現，迄今為止報告了14例人類病例。這些病毒最近在食用受感染的屍體後，導致60多種哺乳動物（主要是食肉動物）發病和死亡。盡管直到最近奶牛才被認為有感染的風險，但目前的疫情表明流感仍然是不可預測的。
這些奶牛的接觸途徑和病毒傳播方式仍然未知。在生牛奶中發現了高濃度的病毒RNA。奶牛場和家禽場的幾種動物以及越來越多的農場工人受到了影響。美國農業部動植物衛生檢驗局在GISAID上發布的初步數據顯示，這些奶牛、其他動物和農場工人體內的病毒密切相關。到目前為止，只有一名農場工人發現了哺乳動物適應標志物（E627K），所有農場工人都患有結膜炎。在最近的人類病例中，工人出現了輕微的眼部症狀和呼吸道症狀。
迄今為止，GISAID EpiFlu已提供了從至少18個州的哺乳動物和鳥類標本中收集的本次疫情的1000多個完整病毒基因組序列。自2024年9月17日上次更新以來，美國農業部已提交了2024年5月8日在密歇根州收集的3個新標本。基於代表性子樣本的最新樹木可追溯到2024年9月26日。
該系列包括許多來自奶牛的病毒序列，但也包括在家禽、野鳥、小鼠、貓和其他哺乳動物以及最近的人類感染中檢測到的密切相關的病毒。盡管遺憾的是，最近的數據集中缺少采樣日期和位置等元數據，但現有數據可以密切關注病毒適應新宿主可能導致的突變。

進化樹分析顯示，密蘇裏州無直接傳染源的H5N1病例的片段序列似乎與數月前愛達華州的牛奶樣本中檢出的H5N1病毒序列接近。