為了解上海市鴨群中H9N2亞型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的遺傳變異特征,以及與疫苗株A/Chicken/Shan dong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之間的遺傳距離,對2007年和2009年分離自上海市鴨氣管和泄殖腔樣品采用熒光RT-PCR檢測,將H9亞型禽流感病毒核酸陽性樣品處理後,經雞胚尿囊腔接種分離病毒,HI進一步確定血凝素(haemagglutin,HA)亞型,隨後進行了全基因測序,並結合GenBank中的相關序列進行遺傳進化分析。結果表明:3株分離毒株為H9N2亞型鴨禽流感病毒,HA蛋白裂解位點的氨基酸組成為PARSSRGLF,符合低致病性禽流感病毒特征,均屬於經典的H9N2 Ck/Bei群系;NA基因均屬於Y280系;NP、PA基因和A/Goose/Guangdong/1/1996(H5亞型)歸為一群;PB2和M基因屬於Qa/HK/G1/97系;NS基因仍為Ck/Bei系;2007年的分離株和2009年的分離株在PB1基因上分屬不同亞群。3株病毒的HA1基因與疫苗株A/Chicken/Shandong/6/1996和A/Chicken/Shanghai/F/1998之間的遺傳距離均大於7%。由此可見,3株鴨H9N2亞型毒株可能是由不同禽流感病毒基因亞群間發生自然重排的產物,現有疫苗對分離株的保護性需要進一步評估。

上海市三株H9N2鴨禽流感病毒全基因遺傳進化分析_葛菲菲.pdf