黃平, 俞守義, 柯昌文. 逐步預測和統計學篩選人H5N1 毒株神經氨酸酶蛋白B細胞表位. 科學通報
發表人:Dr Huang Ping 發表時間:2009年2月11日12点57分 來源:科學通報
摘要 為了預測和篩選人禽流感H5N1毒株神經氨酸酶(NA)蛋白的B細胞表位, 檢測了人禽流感H5N1 毒株NA 基因核苷酸序列. 采用Kyte-Doolittle 的親水性方案、Emini 方案和Jameson-Wolf 抗原指數方案, 輔以對NA 蛋白的二級結構中的柔性區域的分析, 並用SPSS 13.0 進行聚類和相關分析, 建立了一種統計學篩選程序, 預測了H5N1 病毒NA 蛋白的B 細胞表位, 並對毒株GD-01-06 的NA 蛋白變異進行了分析. 預測結果通過吳氏抗原指數和SWISS-MODEL 軟件進行評價. 結果發現, 預測並篩選最有可能的B細胞表位位於NA蛋白N端第120~137, 81~84, 408~415, 273~282, 429~432, 356~ 368, 46~55, 146~155, 341~350, 198~209肽段, 提示它們是B 細胞表位的優勢區段; 含有糖基化位點NGT126~128 的120~137 肽段為首選的NA 蛋白抗原表位; H5N1 毒株NA 蛋白第53 位(Ⅰ)位點缺失, 這有助於增加毒株GD-01-06的NA蛋白表面柔性, 而且抗原表位擴大(VEP46~48→VEPISNTNFL46~55). 采用SWISS-MODEL軟件建立的N1 蛋白模型有助於評價抗原表位預測. 結果表明, 用多參數預測以及用統計學篩選H5N1 毒株NA 蛋白的B 細胞表位, 可以為分子免疫學研究和藥物篩選提供依據; 廣東GD-01-06 毒株NA 蛋白53 位(Ⅰ)位點缺失可能增強該抗原表位的抗原性.
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