甲型流感病毒在病毒核糖核蛋白（vRNP）複合物的背景下，在細胞核內複制其分段的RNA基因組。新合成的vRNPs被輸出到細胞質以進行病毒顆粒組裝，而結構上相似的互補核糖核蛋白（cRNPs），作為複制中間體發揮功能，則不會被納入病毒顆粒。這種選擇性的分子基礎仍不清楚。在本研究中，通過結合啟動子誘變、單分子熒光原位雜交（smFISH）、類病毒顆粒（VLP）實驗和低溫電子顯微鏡（cryo-EM），我們發現cRNPs被保留在細胞核內，並且輸出能力由啟動子結構決定，其中單鏈3′端啟動子區域的長度是主要貢獻特征，啟動子序列和雙鏈結構則進一步調節輸出效率。攜帶具出口能力啟動子的cRNPs被整合進類病毒顆粒中，顯示了核輸出與包裝能力之間的功能性聯系。冷凍電鏡分析顯示，3′ vRNA和cRNA啟動子都結合到聚合酶的共同表面位點，但與不同的聚合酶構象景觀相關，只有vRNA啟動子與聚合酶的包膜酶構象兼容。綜合來看，我們的研究結果確定了一個依賴啟動子的檢查點，將RNA啟動子結構和聚合酶構象與RNP出口及包裝聯系起來。這些結果表明，流感病毒在細胞核中啟動基因組選擇，並揭示核輸出是基因組選擇的早期步驟。