在2024~25年高嚴重性流感季節期間，美國疾病控制與預防中心（CDC）與公共衛生合作夥伴對超過10,000株流感病毒的基因組進行了測序和抗病毒耐藥標記分析。對可獲得的序列標記病毒和具有代表性的病毒進行了體外抗病毒藥物測試。在美國，三株奧司他韋耐藥的A(H3N2)病毒出現了治療過程中新出現的神經氨酸酶（NA）突變，分別為E119V或R292K。攜帶NA-H275Y的奧司他韋耐藥A(H1N1)pdm09病毒在15個州被檢測到，但頻率較低（0.53%）。這些病毒屬於多個系統發育群體，其中血凝素（HA）亞群D.3.1與NA亞群D.1或D.2的組合最為常見。基於共享的序列數據，幾乎所有來自澳大利亞、加拿大和智利的H275Y病毒也屬於這些HA和NA亞群。相反，中國的大多數H275Y病毒（68/81）屬於HA亞譜Clade C.1.9和NA亞譜D，並攜帶允許性突變R257K。在九株流感A病毒中檢測到流感聚合酶酸性蛋白（PA）突變，這些突變可導致對baloxavir的敏感性降低4至92倍。攜帶PA-I38T的病毒在三種細胞系中表現出輕微的複制適應性減弱。根據現有數據，NA-H275Y和PA-I38T病毒來自未接觸抗病毒藥物的患者。與前幾個流感季相比，對所有美國批准的流感抗病毒藥物的基線敏感性基本保持不變。所有在美國檢測到的豬源病毒均攜帶可導致金剛烷抗藥性的標記M2-S31N，但對其他已批准的抗病毒藥物仍然敏感。隨著公共衛生實驗室測序能力和生物信息學支持的增加，對抗病毒藥物敏感性的監測已大大改進。通過流感監測獲得的信息已被用於指導推薦。

重要性
具有降低抗病毒藥物敏感性的流感病毒的流行可能削弱所開處方流感藥物的有效性。本研究提供了2024~25年高嚴重性流感季節期間美國耐藥流感病毒的流行情況信息。它提供了針對所有獲批抗病毒藥物的敏感性概況，以及代表性耐藥病毒的複制適應性信息。大多數耐藥病毒采自未接觸抗病毒藥物的患者，這表明它們具有人際傳播的能力。基於全基因組測序（WGS）的分析是監測工作的基石，眾多實驗室已在使用這一方法。然而，美國疾病控制與預防中心（CDC）實驗室是美國唯一進行流行病毒表型檢測的實驗室，這種檢測對於確認基於序列分析的結果以及識別新的耐藥分子標志至關重要。通過病毒學監測收集的數據提供了關於流感病毒藥物敏感性的急需信息，這些信息用於指導抗病毒藥物的使用建議。