新型傳染病，主要起源於非人類動物，對全球公共衛生和經濟穩定構成重大威脅。禽流感病毒尤其具有挑戰性，因為其高致死率及向新宿主物種的溢出能力。最近H5N1向家禽和家畜的溢出事件導致了巨大的經濟負擔，並增加了人類健康風險。傳統的疾病監測方法依賴於被動的病例發現和病原體特性分析，無法提供有效幹預所需的足夠提前時間。能夠高效、主動預測人畜共患潛力的計算工具對於緩解流感爆發和識別具有向人類溢出風險的病毒株至關重要。已有用於預測流感病毒亞型或宿主的模型被開發；然而，溢出事件的複雜性，包括動物源性潛力的非二元性，限制了這些模型的能力。在此報告的方法中，從ESM-2生成了每個流感病毒株蛋白的豐富蛋白質語言模型嵌入，並用於預測九個動物科的蛋白宿主嗜性概率。蛋白宿主嗜性模型的加權精確度和召回率分別達到0.95和0.95。然後，我們使用蛋白宿主嗜性預測模型的輸出構建了一個動物源性風險預測模型，將病毒株分類為六類：禽類、哺乳類、人類、禽到人類的動物源性、禽到哺乳類的動物源性或哺乳類到人類的動物源性。該模型的平均加權精確度和召回率分別為0.90和0.90。該框架通過不依賴於流感亞型、結合非人類哺乳動物和哺乳動物的動物源性溢出分類、並使用完整的流感蛋白組來捕捉溢出動態的複雜性，從而推進了對流感動物源性風險的預測。