犬流感病毒H3N2 CIV最初起源於禽類，於2005-2007年左右在亞洲出現，隨後在全球傳播，於2015年到達美國。盡管最初采取了遏制措施，但H3N2 CIV於2023年在美國幾個州重新出現。本研究調查了2022年8月至10月美國阿拉巴馬州爆發的H3N2 CIV在伴侶犬中的演變和傳播動態。我們對五個H3N2 CIV分離株進行了全基因組測序，並進行了系統動力學建模，每個片段包含100個全球H3N2 CIW基因組。系統發育重建表明，阿拉巴馬株形成了不同的、緊密聚集的群體，表明它們最近有共同的祖先和局部進化。系統地理學推斷揭示了不同基因片段的不一致起源。HA、MP、NP、NS和PA基因的祖先可追溯到加利福尼亞株，NA基因可追溯到佛羅裏達株，PB1和PB2基因可追溯至伊利諾伊株。這種基因組不一致強烈表明，阿拉巴馬州爆發毒株是通過涉及這三個地理上不同地區的病毒的重組事件出現的。這些發現強調了重組是驅動CIV H3N2進化和傳播的關鍵機制，可能是受感染狗的移動所促進的。低犬疫苗接種需要持續監測和以庇護所為重點的疫苗接種，以控制CIV疫情並監測適應情況。