傳播瓶頸是指建立感染所需的獨特病毒顆粒或基因型的數量，並且它們限制了從一個感染宿主傳遞到另一個宿主的病毒多樣性。先前的研究通過分析43個家庭對樣本（主要來自單個以A(H3N2)為主的季節）確定了季節性流感A病毒（IAV）的嚴格傳播瓶頸。盡管已知許多病毒和宿主因素會影響家庭中IAV的傳播，但它們對傳播瓶頸的影響尚不清楚。在兩項以病例為基礎的美國家庭傳播研究中，FluTES（2017/2018–2019/2020季）和RVTN（2021/2022季），每天從感染IAV的個體采集鼻拭子樣本。病毒進行了重複測序，並使用經過基准測試的分析流程在0.5%的頻率阈值下鑒定宿主內單核苷酸變異（iSNV），該流程對同時出現在兩次重複中的突變的特異性超過99.99%. 傳播對是基於共同居住、檢測日期和遺傳距離定義的。對於每個可能的傳播對，使用貝塔二項分布模型和克隆突變模型估計瓶頸。我們對來自319名個體和102個家庭的567個樣本進行了重複測序。基於流行病學聯系和序列相關的截止值，我們為貝塔二項模型定義了56個傳播對，為克隆突變模型定義了60個傳播對。在所有傳播對中，使用貝塔二項模型（置信區間1, 1）和克隆突變模型（精確估計：0.91, 置信區間：0.91, 0.97）均識別出傳播瓶頸為1。在我們的隊列中，流感季節、亞型和宿主因素（流感疫苗接種狀態、性別和年齡）並未改變傳播瓶頸。甲型流感病毒在傳播過程中受嚴格的遺傳瓶頸限制，這限制了新出現的核苷酸變異的進一步傳播。緊密的瓶頸似乎是傳播過程的內在特性，因為家庭內的宿主和病毒因素並不影響其規模。