高致病性禽流感（HPAI）病毒對動物健康和農業經濟具有重大影響，並可能引發大流行。與鵝/廣東2.3.4.4血凝素（HA）H5NX進化分支相關的HPAI已擴散至近100個國家，被認定為泛大陸性。北美地區HPAI病毒仍在傳播，2021年底跨大西洋入侵後，HPAI H5N1 2.3.4.4b分支導致了大規模疫情。疫情導致大量死亡事件、農業系統中檢測到家禽後撲殺以及跨物種傳播至哺乳動物的事件。確定HPAI 2.3.4.4b分支在野生動物和非人哺乳動物中溢出後的進化機制，對於評估人類感染和傳播的潛力至關重要。

2024年1月底，獸醫觀察到奶牛采食量減少，牛奶質量和產量發生變化。2024年3月25日，得克薩斯州的奶牛中確認了H5N1高致病性禽流感病毒（HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b）。不久之後，美國國家動物健康實驗室網絡的成員在其他八個州的牛群中也發現了該病毒。本研究旨在分析自2021年底H5N1高致病性禽流感病毒引入北美大西洋遷徙路線後，其傳播和與北美野鳥來源的低致病性病毒的重配的基因序列數據。這些數據結合了美國奶牛中H5N1高致病性禽流感疫情的全基因組序列數據和流行病學信息，以幫助我們了解病毒何時傳播到牛群，以及動物移動對病毒傳播的影響。

在牛奶中確認了H5N1 2.3.4.4b基因型B3.13甲型流感病毒，鼻拭子中也有少量檢測。最初的爆發包括來自8個州的26個奶牛場和3個州的6個家禽場的樣本。從牛身上分離出的序列在系統發育分析中聚為一組，支持2023年底的一次溢出事件。在溢出之前發生了一次重排事件，病毒在引入後在牛群中持續存在，並有從牛傳播到家禽和家內動物的證據。流行病學記錄和系統發育建模顯示，無症狀或前驅症狀的奶牛的移動導致了病毒在美國的傳播。我們發現了一些與毒力、宿主範圍特異性和哺乳動物適應性相關的低頻宿主內序列變異。

結論
2023年底，發生了一起高致病性禽流感H5N1亞型2.3.4.4b從野鳥傳播到牛的事件。此次溢出事件很可能是由野鳥群體中的基因重配事件引發的，隨後牛的遷徙導致該病毒在美國奶牛群中傳播。檢測到一些可能改變傳播效率和表型的分子標記，但頻率較低。如果H5N1高致病性禽流感在美國奶牛群中持續傳播，將增加人類和其他宿主感染和病毒進一步傳播的風險。