最近關於與流感病毒H5N1分支2.3.4.4b感染相關的第一例死亡病例的報告引發了人們對潛在人類大流行的擔憂，該分支被確定為基因型D1.1，與B3.13基因型不同。然而，B3.13和D1.1之間的遺傳關系，以及它們的起源、宿主適應性和抗病毒耐藥性，仍然知之甚少。在這裏，我們對多個物種的H5N1分支2.3.4.4b進行了全面的系統發育和比較分析，以確定這兩種基因型的分子特征和抗性突變頻率，闡明它們的進化軌跡，並評估它們對公共衛生的影響。我們的結果表明，B3.13表現出哺乳動物的適應性，而D1.1保留了鳥類的適應性。重要的是，這兩種基因型都顯示出有限的類人特征，這有助於緩解公眾的焦慮。此外，抗病毒藥物結合位點2.3.4.4b支系中耐藥性突變的出現要求開發多靶點抗病毒策略，以降低耐藥株重組的風險。