具有H5血凝素（HA）基因（分支2.3.4.4b）的高致病性禽流感（HPAI）病毒正在野生鳥類中引起持續的全動物流行病。這些病毒的傳播與多種哺乳動物的溢出感染有關，包括美國奶牛前所未有的大規模爆發。由於對奶牛群的檢測有限，對基因組監測的需求尚未得到滿足。受感染的牛可以在牛奶中排出大量高致病性禽流感H5N1病毒，從而可以在巴氏消毒的零售乳制品樣本中檢測到。在中西部一個城市的兩個月采樣期內，我們獲得了20個不同州加工的乳制品。在這裏，我們證明了拼接擴增子測序方法從13個病毒RNA陽性樣本中的5個樣本中產生了超過90%的基因組覆蓋率，深度超過20倍。零售乳制品的RT-qPCR檢測和測序相結合，可以成為應對牛禽流感爆發的“一個健康”框架的有用組成部分。