USDA-Veterinary Services. 北美H5N1禽流感分類工具:GenoFlu. USDA-VS
發表人:kickingbird 發表時間:2024年11月14日9点32分 來源:USDA-VS
GenoFLU工具用於對北美鳥類遷徙途徑中檢測到的高致病性禽流感H5N1/鵝/廣東分支2.3.4.4b病毒進行分類。該工具考慮了所有八個基因片段,可以對與北美低致病性病毒重組的2.3.4.4b分支病毒進行分類。GenoFLU工具是利用主要在美國境內檢測到的參考文獻為北美開發的。A1 GenoFLU基因型對應於歐洲國家參考實驗室(EURL)基因型“C”,這是一種歐亞維根/荷蘭樣病毒,在A1病毒最初在紐芬蘭被鑒定時占主導地位。
使用GenoFLU,H5 2.3.4.4b病毒的完全歐亞和不同引入用序列號“A”表示。基因型A1歐亞病毒在最初引入時與北美低致病性病毒重新分類,用“B”表示,A2病毒引入的重新分類用“C”表示。迄今為止,還沒有觀察到其他歐亞大陸引入美國的(“A”基因型)與北美病毒重組。GenoFLU系統還確保了共享共同譜系的病毒可以被分類。例如,B3基因型包括13個不同的重組子,分別標記為B3.1至B3.13,除了共享的北美片段外,每個基因型還共享一個共同的HA/NA系統發育。隨著新星座的識別,次要基因型被連續分配(而不是重複使用),並且在滿足特定標准的情況下,可以用正式的基因型重新分配。命名基因型被分配,因為它們符合至少20種野鳥檢測和/或兩種或多種家禽場所感染的標准。非典型宿主物種等異常事件也可能促使命名基因型的建立。
GenoFLU工具旨在識別北美H5 2.3.4.4b病毒的基因型,並在序列不屬於特定基因型時提供單個片段的信息。該工具的輸入應該是高質量、高覆蓋率的序列,所有八個片段都存在。混合堿基的數量應該較低,因為混合序列可能會導致異常的基因型調用。FASTQ和FASTA序列數據都可以輸入到工具中;然而,FASTA文件輸入不會生成關於平均覆蓋深度的統計數據,應注意使用高質量的序列。
使用GenoFLU,H5 2.3.4.4b病毒的完全歐亞和不同引入用序列號“A”表示。基因型A1歐亞病毒在最初引入時與北美低致病性病毒重新分類,用“B”表示,A2病毒引入的重新分類用“C”表示。迄今為止,還沒有觀察到其他歐亞大陸引入美國的(“A”基因型)與北美病毒重組。GenoFLU系統還確保了共享共同譜系的病毒可以被分類。例如,B3基因型包括13個不同的重組子,分別標記為B3.1至B3.13,除了共享的北美片段外,每個基因型還共享一個共同的HA/NA系統發育。隨著新星座的識別,次要基因型被連續分配(而不是重複使用),並且在滿足特定標准的情況下,可以用正式的基因型重新分配。命名基因型被分配,因為它們符合至少20種野鳥檢測和/或兩種或多種家禽場所感染的標准。非典型宿主物種等異常事件也可能促使命名基因型的建立。
GenoFLU工具旨在識別北美H5 2.3.4.4b病毒的基因型,並在序列不屬於特定基因型時提供單個片段的信息。該工具的輸入應該是高質量、高覆蓋率的序列,所有八個片段都存在。混合堿基的數量應該較低,因為混合序列可能會導致異常的基因型調用。FASTQ和FASTA序列數據都可以輸入到工具中;然而,FASTA文件輸入不會生成關於平均覆蓋深度的統計數據,應注意使用高質量的序列。
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