2024年12月10日-正如之前报道的那样，美国疾病控制与预防中心与加利福尼亚州公共卫生部（CDPH）合作，于2024年11月22日证实加利福尼亚州一名儿童感染了甲型H5N1禽流感病毒（H5N1禽流感）。该患者最初通过流感检测被发现为疑似a（H5N1）病例，并通过流感监测报告给CDPH，斯坦福医学临床病毒学实验室进行了初步亚型鉴定，CDPH于2024年11月19日报告了推定阳性检测结果。
根据诊断测试期间确定的实时RT-PCR循环阈值（Ct）值，发现患者的鼻咽样本中流感病毒RNA水平非常低。斯坦福医学院和美国疾病控制与预防中心使用标准的下一代测序方法对病毒RNA进行测序的初步尝试产生了弱扩增子，这是对使用Nanopore和Illumina测序方法进行测序的挑战。此外，从样本中分离病毒的努力也没有成功。通过采用核酸富集技术，美国疾病控制与预防中心和斯坦福医学院能够生成以下病毒RNA序列数据：全长神经氨酸酶（NA）和核蛋白（NP）基因以及部分血凝素（HA）、聚合酶碱性2（PB2）和聚合酶碱性1（PB1）基因。美国疾病控制与预防中心和斯坦福医学院已将A/California/192/2024的这些数据提交给GISAID和GenBank数据库，登录号分别为EPI_ISL_19597300和PQ724471-PQ724473。
基于HA和NA基因短片段的初步序列分析表明，该病毒是一种2.3.4.4b a（H5N1）病毒，类似于在美国引起奶牛和家禽疫情的病毒。在获得全长NA和NP基因后，美国疾病控制与预防中心能够进行全面的系统发育分析，结果表明该病毒与奶牛和家禽中检测到的病毒非常相似，也与加利福尼亚州奶制品工人先前感染的a（H5N1）病毒非常相似。尽管生成的遗传数据不足以将病毒归类为特定的基因型，但NA和NP序列与最近在加利福尼亚州人类、奶牛和家禽中检测到的B3.13病毒的NA和NP基因具有密切的核苷酸同一性和系统发育聚类。流行病学和环境调查没有明确确定可能的暴露源。鉴于无法生成该病例的额外序列数据，因此不太可能确定儿童接触A（H5N1）病毒的来源，从而完成对基因型和接触的调查。
除了NA和NP基因的系统发育分析外，美国疾病控制与预防中心还对病毒样本的序列进行了评估，以确定可能影响人类感染性或传播性或降低对奥司他韦等抗病毒药物易感性的分子变化。尽管部分HA序列缺少基因5´末端的部分，但与现有的2.3.4.4b分支候选疫苗病毒（CVV）相比，预测的抗原位点没有额外的变化。病毒的受体结合结构域也没有发现变化，表明该病毒保留了鸟类受体结合特性，没有影响人类感染性或传播性变化的突变。PB2和PB1基因没有与哺乳动物适应相关的遗传变化，NA序列数据中也没有发现任何与降低对神经氨酸酶抑制剂（如奥司他韦）敏感性相关的遗传改变。最后，序列数据证实，该病例的病毒与加拿大不列颠哥伦比亚省导致人类严重疾病的病毒没有密切关系。总的来说，这些数据表明，在这例儿科病例中检测到的病毒与美国检测到的大多数其他甲型流感（H5N1）病毒非常相似，没有相关突变的迹象。
虽然获得的序列数据无法确定病毒基因型，也没有确定特定的动物暴露源，但这些发现提供了重要的背景信息，并有助于为美国疾病控制与预防中心的整体风险评估提供信息。他们还强调了合作应对这一反应的价值，包括基于遗传数据的病毒学风险评估。