自2024年3月以来，高致病性禽流感（HPAI）病毒的2.3.4.4分支在世界各地的野生和家禽中爆发，继续在美国各地的奶牛场传播，迄今已报告16例人类病例。这些高致病性禽流感病毒最近在食用受感染的尸体后，导致60多种哺乳动物（主要是食肉动物）发病和死亡。尽管奶牛没有被认为有感染的风险，但美国目前的疫情表明流感仍然是不可预测的。
这些奶牛的接触途径和病毒传播方式仍然未知。在生牛奶中发现了高浓度的病毒RNA。奶牛场和家禽场的几种动物以及越来越多的农场工人受到了影响。美国农业部动植物卫生检验局在GISAID上发布的初步数据显示，这些奶牛、其他动物和农场工人体内的病毒密切相关。到目前为止，只有一名农场工人发现了哺乳动物适应标志物（E627K），所有农场工人都患有结膜炎。在最近的人类病例中，工人出现了轻微的眼部症状和呼吸道症状。
迄今为止，GISAID EpiFlu已提供了从至少18个州的哺乳动物和鸟类标本中收集的本次疫情的1000多个完整病毒基因组序列。自9月27日上次更新以来，美国疾病控制与预防中心已提供了9月30日和10月1日从加利福尼亚州农场工人那里收集的两个新样本。基于代表性子样本的最新进化树可追溯到2024年10月7日。
该系列包括许多来自奶牛的病毒序列，但也包括在家禽、野鸟、小鼠、猫和其他哺乳动物以及最近的人类感染中检测到的密切相关的病毒。尽管遗憾的是，最近的数据集中缺少采样日期和位置等元数据，但现有数据可以密切关注病毒适应新宿主可能导致的突变。