福建省参与“中国-世界卫生组织流行性感冒监测合作项目”（2001~2004年）始于2001年3月。福建省卫生厅重视项目的实施，三年多来，多次行文、拨款，协调有关单位对项目进行管理和指导。福建疾病预防控制中心自项目启动以来，在项目启动与管理、流感监测网络建设、监测检验工作和监测点实验室检测能力培训等方面做了大量的工作。2004年2月，根据流感疫情和人禽流感防治工作的需要，已将监测点扩大至覆盖全省九个设区市的20所哨点医院和9个禽类饲养场高暴露人群监测点，加大了流感和人禽流感监测工作的力度。

截止今年3月份，共采集流感样病例呼吸道标本2469份，分离出流感病毒188株（分离率7.61%）。其中H1N1亚型33株（占17.55%），H3N2亚型116株（占61.70%），乙型39株（占20.74%）。病毒学监测结果表明，福建省流感病毒型别分布主要以H3N2亚型为主。2002年，福建疾病预防控制中心采用MDCK细胞培养方法，从福建省妇幼保健院采集的一例流感样儿童咽拭子标本中分离出1株甲3亚型流感病毒A/Fujian/411/2002(H3N2)，该株病毒被WHO确定为2004-2005（北半球）流感疫苗组成类似株之一，同时也被我国确定为2004-2005年中国流感病毒H3N2亚型代表株，这表明福建省流感监测系统是敏感和有效的。福建省流感监测在2003年传染性非典型肺炎的防治工作中也发挥了重要作用。