黄平, 俞守义, 柯昌文. 逐步预测和统计学筛选人H5N1 毒株神经氨酸酶蛋白B细胞表位. 科学通报
发表人:Dr Huang Ping 发表时间:2009年2月11日12点57分 来源:科学通报
摘要 为了预测和筛选人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)蛋白的B细胞表位, 检测了人禽流感H5N1 毒株NA 基因核苷酸序列. 采用Kyte-Doolittle 的亲水性方案、Emini 方案和Jameson-Wolf 抗原指数方案, 辅以对NA 蛋白的二级结构中的柔性区域的分析, 并用SPSS 13.0 进行聚类和相关分析, 建立了一种统计学筛选程序, 预测了H5N1 病毒NA 蛋白的B 细胞表位, 并对毒株GD-01-06 的NA 蛋白变异进行了分析. 预测结果通过吴氏抗原指数和SWISS-MODEL 软件进行评价. 结果发现, 预测并筛选最有可能的B细胞表位位于NA蛋白N端第120~137, 81~84, 408~415, 273~282, 429~432, 356~ 368, 46~55, 146~155, 341~350, 198~209肽段, 提示它们是B 细胞表位的优势区段; 含有糖基化位点NGT126~128 的120~137 肽段为首选的NA 蛋白抗原表位; H5N1 毒株NA 蛋白第53 位(Ⅰ)位点缺失, 这有助于增加毒株GD-01-06的NA蛋白表面柔性, 而且抗原表位扩大(VEP46~48→VEPISNTNFL46~55). 采用SWISS-MODEL软件建立的N1 蛋白模型有助于评价抗原表位预测. 结果表明, 用多参数预测以及用统计学筛选H5N1 毒株NA 蛋白的B 细胞表位, 可以为分子免疫学研究和药物筛选提供依据; 广东GD-01-06 毒株NA 蛋白53 位(Ⅰ)位点缺失可能增强该抗原表位的抗原性.
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