阿拉斯加西南部湿地是在北美西部和东亚繁殖的迁徙水禽的重要栖息地。自2011年以来，每年在阿拉斯加伊泽姆贝克国家野生动物保护区及其周边地区收集来自猎人收获的水禽和环境粪便的样本，以评估禽流感病毒（AIV）的发生、演变和传播。持续检测到栖息在该地区的野生鸟类的病毒，并观察到频繁的洲际病毒传播。2014年和2022年，在北美太平洋航线上检测到H5亚型高致病性禽流感病毒（HPAIV），这可能受到当时在候鸟中传播的低致病性禽感冒病毒（LPAIV）的遗传和抗原多样性的影响。相反，高致病性禽流感病毒（HPAIV）的引入可能改变了野生水鸟宿主体内低致病性禽流感病毒（LPAIV）共循环的生态格局。为评估这些生态交互作用，我们分析了LPAIV与HPAIV的长期出现模式及多样性变化，重点关注与HPAIV引入事件相关的变迁。在为期14年的禽流感病毒监测中，病毒流行率在HPAIV引入期间达到峰值。HPAIV与LPAIV之间的基因重配产生了新型HPAIV基因型，以及一个包含HPAIV基因片段的LPAIV。2022年HPAIV引入后，欧亚谱系基因片段的比例有所上升。该长期数据集凸显了北美禽流感病毒最持续监测活跃采样点之一中，野生鸟类体内LPAIV与HPAIV生态格局的变迁。