来源于鸟类和猪类的人畜共患甲型流感病毒（zIAV）对公共卫生构成了严重威胁。自1996年zIAV A(H5N1)出现以来，该病毒已经在全球传播，影响了野鸟、家禽、野生及家养哺乳动物，包括牛和猪，并偶尔感染人类。在人–动物界面上，检测和表征zIAV仍然面临挑战。最近在荷兰以及欧洲范围内进行的外部质量评估，评估了人类临床诊断实验室和国家参考实验室检测、分型及表征潜在zIAV的能力。基于这些结果，我们反思了用于识别欧洲zIAV感染病例的方法现状和挑战。虽然所有实验室在甲型流感病毒的通用检测上大体上都很成功，但在临床诊断实验室中，分型并未被广泛使用。对于国家参考实验室来说，猪源病毒的亚型鉴定仍然具有挑战性，通常需要通过测序才能准确识别。虽然测序在表征猪流感病毒（zIAV）方面潜力更大，但仍需要对生物信息学工具的正确使用进行培训。同时，提高医护人员的意识，记录患者病史中的动物接触情况也很关键，因为只有早期怀疑人畜共患感染，才能指导实验室进行包括亚型鉴定在内的检测。