自2020年以来，属于2.3.4.4b亚系的高致病性禽流感H5Nx病毒已在欧洲地方性流行，引发以广泛重配事件为特征的反复流行波。在此，我们描述了一种单一高适应性基因型（EA-2024-DI）的出现，该基因型推动了连续两波流行，并演化为不同的亚系。在其持续传播期间，2025-2026年流行中，它在野生鸟类中导致了前所未有的病例数量。通过对大型基因组序列数据集进行系统动力学分析，我们比较了EA-2024-DI亚系在最近三次流行（2023-2024、2024-2025和2025-2026）的空间扩散及宿主传播模式。我们显示，该基因型随时间持续存在，并主要通过野生鸭类传播，但不同传播波之间的传播模式发生了显着变化，流行中心从东欧转向中欧，后者已成为病毒在欧洲扩散的重要枢纽。我们的结果显示，携带增强病毒在哺乳动物宿主中复制的突变的野生和家养哺乳动物病毒频率最近有所增加，这突显了主动监测这一宿主群体的重要性，以更好地理解其在病毒生态学和进化中的作用。