甲型流感病毒（IAV）在欧洲猪群中广泛流行，并通过来自人类的频繁引入不断多样化，随后在猪群中发生基因重配。西班牙由于集约化白猪养殖、大范围伊比利亚猪养殖系统以及丰富的野猪种群并存，表现出了特别动态的生态环境。本研究提供了对2019年至2022年西班牙猪群中IAV演化和基因组多样性的综合分析，扩展了2016年至2019年的先前监测工作。在24个省进行的采样中获得了66个来自伊比利亚猪和白猪的新全基因组序列。
我们确定了18种基因型，其中包括11种在我们以前的调查中未发现的新型重配病毒。一些基因型，如H1huN2 G21和G22、H3N2 G23以及不寻常的H3N1 G12，仅在该国发现。一些基因型在托莱多和巴达霍斯的白猪、伊比利亚猪和野猪中都有检测到，这表明病毒在猪群中存在流动。
系统发育分析显示，H1N1pdm09正从人类不断传入猪群，形成了至少五种重配基因型（G10、G16–G19）。这些谱系融合了大流行病毒的内部基因片段，并在某些情况下包含人类季节性N2片段，突显了人类作为病毒入侵来源的持续作用。相反，2022至2026年间在西班牙检测到的四例人畜共患感染（H1N1v）与白猪中流行的基因型有关，强调了流感A病毒在人类与猪群界面传播的双向特性。
总体而言，这项研究表明，西班牙提供了有利于流感病毒多样化、重配和人畜共患风险的生态条件。这些发现强化了持续推进“整体健康”监测的必要性。