犬流感病毒H3N2 CIV最初起源于禽类，于2005-2007年左右在亚洲出现，随后在全球传播，于2015年到达美国。尽管最初采取了遏制措施，但H3N2 CIV于2023年在美国几个州重新出现。本研究调查了2022年8月至10月美国阿拉巴马州爆发的H3N2 CIV在伴侣犬中的演变和传播动态。我们对五个H3N2 CIV分离株进行了全基因组测序，并进行了系统动力学建模，每个片段包含100个全球H3N2 CIW基因组。系统发育重建表明，阿拉巴马株形成了不同的、紧密聚集的群体，表明它们最近有共同的祖先和局部进化。系统地理学推断揭示了不同基因片段的不一致起源。HA、MP、NP、NS和PA基因的祖先可追溯到加利福尼亚株，NA基因可追溯到佛罗里达株，PB1和PB2基因可追溯至伊利诺伊株。这种基因组不一致强烈表明，阿拉巴马州爆发毒株是通过涉及这三个地理上不同地区的病毒的重组事件出现的。这些发现强调了重组是驱动CIV H3N2进化和传播的关键机制，可能是受感染狗的移动所促进的。低犬疫苗接种需要持续监测和以庇护所为重点的疫苗接种，以控制CIV疫情并监测适应情况。