自2021年以来，高致病性（HPAI）H5N1病毒在美洲各地传播，通过重新组合成新的基因型而多样化，这些基因型已经传播到人类和牲畜中，引发了人们对新流感大流行的担忧。流行病谱系通常与重组有关，但我们目前对重组预计何时何地发生的了解有限，这限制了我们评估流行病风险的能力。利用9052个全基因组序列的数据集，我们发现重组和新基因型形成与低致病性禽流感（LPAI）病例的季节性变化以及病毒传播的空间和宿主分布有关。我们确定鸭子、鹅和中央迁徙道是新基因型的常见来源，并表明重组率随季节变化，这是由高致病性和低致病性病毒的混合驱动的。牛的溢出基因型（B3.13和D1.1）在高度重组期间进化，这意味着重组在特定时期进化的谱系中很常见。这些发现共同将重组重新定义为一个可预测的生态过程，对如何设计监测和流行病风险评估具有直接影响。