废水测序在追踪人口稠密地区感染性病原体在空间和时间上的传播方面，正成为一种越来越有价值的工具。通过这种方法可以轻松检测的病原体之一是甲型流感病毒，该病毒在北美的冬季月份通常具有可预测的流行模式。在此，我们利用加利福尼亚北部某市废水处理厂的常规监测，描述了甲型流感病毒浓度的非典型季节性激增，其水平可与冬季呼吸道病毒季节相媲美。基于通过混合捕获测序生成的宏基因组数据，我们组装并随后表征了分化的流感基因组片段，这些片段似乎主要来自禽类H16谱系。这些株与从候鸟中分离的流感病毒具有密切的进化关系，暗示了潜在的宿主物种及其地理传播机制。对读取丰度的分析表明，这些禽类毒株在夏季流行的流感病毒池中占主导地位，而典型的人类感染菌株基本不存在。总体而言，我们的结果扩大了污水测序的价值，使其能够敏感地跟踪人类聚居区毗邻野生地区的界面区域内动物的疫情，从而提高整体的流行病防备能力。