自2021年以来，属于H5N1分支2.3.4.4b的高致病性禽流感病毒（HPAIV）在北美野生鸟类和家禽中造成了很高的死亡率。2025年，一种新的D1.1基因型导致两人死亡，宿主转而饲养奶牛。然而，D1.1的进化起源和动力学尚未完全确定。在这里，我们对17516个H5N1基因组序列的系统发育分析揭示了D1.1如何在北美H5N1流行病的抗原多样性和生态中引入了重大转变。D1.1是第一个主要的H5N1基因型，它（a）出现在太平洋的迁徙路线上，并且比任何先前的基因型都更快地从西向东传播；（b）通过与北美N1片段的重组进行抗原性转移，取代之前固定的欧亚N1；以及（c）向比迄今为止任何H5N1基因型更广泛的宿主物种传播，引入哺乳动物适应性。