流感病毒通过呼吸道排出传播，但在这种排出中检测传染性病毒一直具有挑战性。在这里，我们描述了使用模块化流感采样隧道 （MIST） 对呼吸道颗粒中传染性病毒进行定量和基因分型。颗粒沉积在细胞单层上，从而能够对病毒进行培养、定量和测序。同时，水敏感纸和细颗粒采样器可产生大范围的呼吸道颗粒计数。使用 MIST，我们在接种后多天从实验性感染流感病毒的人类身上捕获传染性病毒。回收的呼吸道颗粒数量变化超过三个数量级，并且包含病毒遗传变异，在感染个体的样本中也检测到病毒遗传变异。传染性病毒的排出与唾液和鼻咽拭子中的传染性病毒载量以及临床症状有关。这些数据揭示了排出气溶胶中病毒多样性的维持，并表明个体之间传染性排出程度的异质性可能会影响前向传播的可能性。