流感病毒核糖核蛋白复合物（RNPs）由聚合酶复合物（FluPol），核蛋白（NP）和RNA组成，对于复制和转录至关重要。我们报告了两种状态下微型vRNPs的原子分辨率低温电磁结构：位于NP-RNA环内部（状态输入）或外缘（状态输出）的FluPol。在这两种状态下，vRNA的5´和3´末端如先前报道的那样与FluPol结合。一个NP（NP-0）与FluPol的PA/PB1接触并结合远端双链vRNA启动子，其D72-K90环插入RNA叉中；分离的链占据NP-0 RNA结合槽。来自其他NP的凹槽形成连续的RNA保护途径，与负链RNA病毒机制一致。在状态In中，FluPol二聚化或Pol II相互作用的界面被阻止，但在状态Out中完全暴露。这些结构揭示了详细的FluPol NP-RNA偶联，并暗示了病毒生命周期中RNP的构象变化。