1968年出现的亚型H3N2甲型流感病毒（IAV）引起大流行，已经显示出持续的循环和适应，这需要频繁更新候选疫苗病毒。在这里，我们试图确定1968年至2019年分离的21种抗原性不同的H3N2 IAV的血凝素（HA）和神经氨酸酶的遗传变化如何与哺乳动物的适应性和适应相关。我们发现在1997年至2002年期间，适应性激增，导致a/Fujian/411/2002（H3N2）的出现和疫苗效力差，导致2003-2004年季节流行。这种激增的特征是与哺乳动物α2,6型连接的唾液酸的结合大大减少，并且在人源化的Madin-Darby犬肾细胞中感染性和复制动力学增加。HA糖基化也从1968年到2004年增长最快，然后趋于平稳。症状性感染仅在接种20世纪70年代分离的病毒和最具致病性的A/Aichi/2/1968（H3N2）后的小鼠中才明显。除了A/Sydney/5/1997（H3N2）导致体重减轻外，最近的病毒没有引起任何可检测到的症状。2002年后向α2,6连接唾液酸结合的转变，加上哺乳动物模型中致病性的降低，强调了H3N2适应人体循环而不影响免疫原性，这是疫苗设计的关键考虑因素。总体而言，我们的数据显示，从1997年到2002年，哺乳动物适应的激增产生了a/Fujian/411/2002（H3N2），随后的病毒显示出哺乳动物适应的更多标志，例如与表达α2,6-连接的唾液酸的细胞的结合增加，哺乳动物致病性降低。