Cas13通过将CRISPR RNA与靶RNA中的互补单链RNA原间隔区杂交来激活。虽然Cas13在体外不会被双链RNA激活，但它在RNA高度结构化的细胞环境中稳健地靶向RNA。Cas13靶向结构化RNA的机制仍然未知。在这里，我们系统地探讨了二级结构对Cas13的影响。我们发现原间隔区及其 3´中的二级结构抑制了Cas13活性，并通过链位移框架定量解释了前一种效应。然后，我们利用链位移来生成“闭塞”的Cas13，这将错配辨别能力提高50倍，并能够在低（<1%）等位基因频率下进行与序列无关的突变鉴定。使用封闭的Cas13，我们鉴定了SARS-CoV-2以及人类和禽甲型流感病毒中的人类适应性突变，以及 KRAS 中的致癌突变。我们的工作利用对Cas13的机理理解的改进来扩大RNA诊断的范围并实现结构知情的Cas13方法。