人畜共患甲型流感病毒 （IAV） 对养殖动物和人类的溢出有可能引发流行病甚至全球大流行。我们介绍了 FluWarning，这是一种高效且优雅的计算方法，基于密码子偏差和二核苷酸组成的异常检测，用于早期识别不同的病毒 HA 片段。我们将 FluWarning 应用于 2009 年流感大流行作为测试案例。FluWarning 成功识别了导致大流行的病毒 pdm09 的出现，并在观察到的全球传播之前发出了警告。FluWarning 应用于 2019 年至 2025 年间收集的 H5N1 标本，标记了基因型 D1.1 和 B3.13，这两者都与最近在美国奶牛中的溢出效应有关。总之，FluWarning 是一种有效、轻量级、多尺度的 IAV 预警系统，可检测可用序列很少的溢出效应。