高致病性禽流感（HPAI）病毒对动物健康和农业经济具有重大影响，并可能引发大流行。与鹅/广东2.3.4.4血凝素（HA）H5NX进化分支相关的HPAI已扩散至近100个国家，被认定为泛大陆性。北美地区HPAI病毒仍在传播，2021年底跨大西洋入侵后，HPAI H5N1 2.3.4.4b分支导致了大规模疫情。疫情导致大量死亡事件、农业系统中检测到家禽后扑杀以及跨物种传播至哺乳动物的事件。确定HPAI 2.3.4.4b分支在野生动物和非人哺乳动物中溢出后的进化机制，对于评估人类感染和传播的潜力至关重要。

2024年1月底，兽医观察到奶牛采食量减少，牛奶质量和产量发生变化。2024年3月25日，得克萨斯州的奶牛中确认了H5N1高致病性禽流感病毒（HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b）。不久之后，美国国家动物健康实验室网络的成员在其他八个州的牛群中也发现了该病毒。本研究旨在分析自2021年底H5N1高致病性禽流感病毒引入北美大西洋迁徙路线后，其传播和与北美野鸟来源的低致病性病毒的重配的基因序列数据。这些数据结合了美国奶牛中H5N1高致病性禽流感疫情的全基因组序列数据和流行病学信息，以帮助我们了解病毒何时传播到牛群，以及动物移动对病毒传播的影响。

在牛奶中确认了H5N1 2.3.4.4b基因型B3.13甲型流感病毒，鼻拭子中也有少量检测。最初的爆发包括来自8个州的26个奶牛场和3个州的6个家禽场的样本。从牛身上分离出的序列在系统发育分析中聚为一组，支持2023年底的一次溢出事件。在溢出之前发生了一次重排事件，病毒在引入后在牛群中持续存在，并有从牛传播到家禽和家内动物的证据。流行病学记录和系统发育建模显示，无症状或前驱症状的奶牛的移动导致了病毒在美国的传播。我们发现了一些与毒力、宿主范围特异性和哺乳动物适应性相关的低频宿主内序列变异。

结论
2023年底，发生了一起高致病性禽流感H5N1亚型2.3.4.4b从野鸟传播到牛的事件。此次溢出事件很可能是由野鸟群体中的基因重配事件引发的，随后牛的迁徙导致该病毒在美国奶牛群中传播。检测到一些可能改变传播效率和表型的分子标记，但频率较低。如果H5N1高致病性禽流感在美国奶牛群中持续传播，将增加人类和其他宿主感染和病毒进一步传播的风险。