最近关于与流感病毒H5N1分支2.3.4.4b感染相关的第一例死亡病例的报告引发了人们对潜在人类大流行的担忧，该分支被确定为基因型D1.1，与B3.13基因型不同。然而，B3.13和D1.1之间的遗传关系，以及它们的起源、宿主适应性和抗病毒耐药性，仍然知之甚少。在这里，我们对多个物种的H5N1分支2.3.4.4b进行了全面的系统发育和比较分析，以确定这两种基因型的分子特征和抗性突变频率，阐明它们的进化轨迹，并评估它们对公共卫生的影响。我们的结果表明，B3.13表现出哺乳动物的适应性，而D1.1保留了鸟类的适应性。重要的是，这两种基因型都显示出有限的类人特征，这有助于缓解公众的焦虑。此外，抗病毒药物结合位点2.3.4.4b支系中耐药性突变的出现要求开发多靶点抗病毒策略，以降低耐药株重组的风险。