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2024-12-4 1:58:48


Vincent C Calhoun, Eneida L Hatcher, Linda Yankie,. 使用VADR进行流感序列验证和注释. Database, 2024
发表人:kickingbird  发表时间:2024年11月12日14点59分  来源:Database, 2024

每年有数万个流感序列被存入GenBank数据库。自2007年以来,GenBank一直在使用软件工具FLu-ANnotation工具(FLAN)来验证和注释传入的流感序列提交,该工具已作为网络服务器公开提供,但不是独立工具。病毒注释定义R(VADR)是GenBank用于诺如病毒、登革热病毒和严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型病毒序列处理的通用序列验证和注释软件包,可作为独立工具使用。我们基于FLAN参考序列创建了VADR流感模型,并调整了VADR以准确注释流感序列。VADR和FLAN在绝大多数流感序列上显示出一致的结果,当它们不一致时,VADR通常是正确的。VADR还可以准确地处理D型流感序列以及甲型流感H17、H18、H19、N10和N11亚型序列,而FLAN不能。VADR 1.6.3和相关的流感模型现在可供用户免费下载和使用。
数据库URL:https://bitbucket.org/nawrockie/vadr-models-flu
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