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October 19, 2004


Sir John Skehel. Alignment of representative sequences from each subtype of influenza A HA. ISD
submited by kickingbird at Nov, 8, 2004 11:10 AM from ISD

Alignment of representative sequences from each subtype of influenza A HA.

Alignment kindly provided by Professor Sir John Skehel; alignment is informed by structure of subtypes H1, H3, H5 and H9.

Presented on the Influenza Sequence Database website, as a courtesy to users.

Legend
- Matches amino acid in the first row of data (A/Puerto Rico/8/34).
. Gap

Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 MKANLLVLLC ALAAADA... .......... ..DTICIGYH ANNSTDTVDT VLEKNVTVTH SVNLLEDSHN GKLCRLKGIA  
H2 A/Japan/305/57 -AIIY-I--F TAVRG..... .......... ..-Q------ -----EK--- N--R------ AKDI--KT-- ----K-N--P  
H3 A/Aichi/2/68 --TIIALSYI FCLPLG.... ..QDLPGNDN STA-L-L-H- -VPNGTL-K- ITDDQIE--N ATE-VQS-ST --I-N.NPHR  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 -LSIAILF-L IAEGSSQNYT GN........ ..PV--L-H- -VSNGTM-K- LTDDQIE-VT AQE-V-SQ-L PE--P.SPLR  
H5 A/HongKong/156/97 -ERTV-L-AT VSLVKS.... .......... ..-Q------ -----EQ--- IM-------- AQDI--RT-- ----D-N-VK  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 -I-IIVIAIL -A-GKS.... .......... ..-K------ -----TQ--- IP-------- --E---NQKE ERF-KILSK-  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 -NTQI-AFIA CMLIGTKG.. .......... ..-K--L-H- -VANGTK-N- LT-RGIE-VN ATETV-TVNI K-I-T.Q-KR  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 -EKFIAIAT. LASTNAY... .......... ..-R-----Q S-------N- LI-Q--P--Q TME-V-TEKH PAY-NTDLG-  
H9 A/HongKong/1074/99 -ETIS-ITIL LVVT-SNA.. .......... ..-K----HQ ST---E---- LT-T--P--- AKE--HTE-- -M--ATSLGH  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 -YKVVVIIAL LG-VKGL... .......... ..-R--L-H- -VANGTI-K- LTNEQEE--N ATETV-STNL N---M.--RS  
H11 A/duck/England/56 -EKT--FAAI F-CVKA.... .......... ..-E-----L S-----K--- II-N-----S --E-V-TE-T -SF-SIN-KQ  
H12 A/duck/Alberta/60/76 -EKFIILSTV LA-SFAY... .......... ..-K-----Q T----E--N- LS-Q--P--Q VEE-VHRGID PI--GTELGS  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 -AL-VIAT-T LISVCVHA.. .......... ..-R--V--L ST--SER--- L--NG-P--S -ID-I-TN-T -TY-S-N-VS  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 -I-LI--A-A LSHT-YSQIT NGTTGN.... ..PI--L-H- -VENGTS-K- LTDNH-E-VS AKE-V-TN-T DE--P.SPLK  
H15 A/duck/Australia/341/83 -NTQII-I-V LGLSMVRS.. .......... ..-K--L-H- -VANGTK-N- LT--G-E-VN ATETV-ITGI N-V-T.--KK 80
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 PLQLGKCNIA GWLLGNPECD PLLPVRSWSY IVETPNSENG ICYPGDFIDY EELREQLSSV SSFERFEI.F PKESSWPNHN  
H2 A/Japan/305/57 --E--D-S-- ---------- R--S-PE--- -M-KE-PRD- L----S-N-- ---KHL---- KH--KVK-.L --D.R-TQ-T  
H3 A/Aichi/2/68 I-DGID-TLI DA---D-H-- VFQN.ET-DL F--RSKAFS. N---Y-VP-- AS--SLVA-S GTL-FITEG- ....T-TGVT  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 LVDGQT-D-V NGA--S-G-- H-NG.AE-DV FI-R-TAVD. T---F-VP-- QS--SI-ANN GK--FIAEE- ....Q-NTVK  
H5 A/HongKong/156/97 --I-RD-SV- -------M-- EFIN-PE--- ---KASPA-D L----N-N-- ---KHL--RI NH--KIQ-.I --S.--S--D  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 --D-RG-T-E --I----Q-- L--GDQ---- ---R-TAQ-- -----TLNEI ---KALIG-G ERI----M.- --S.T-SGV-  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 -TD--Q-GLL -T-I-P-Q-- QF-E.FDANL -I-RREGTD. V----K-TNE -S--QI-RGS GGIDKESMG- ....TYSGIR  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 --E-RD-K-E AVIY---K-- IH-KDQG--- ---R-SAPE- M----SVENL ----FVF--A A-YK-IRL.- DYS.R-.-VT  
H9 A/HongKong/1074/99 --I-DT-T-E -LVY---S-- L--EG-E--- ---RSSAV-- T----NVENL ----TLF--A --YQ-IQ-.- -DT.T-.-VT  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 YKD--N-HPV -M-I-T-V-- -H-T.GT-DT LI-RE-AIA. H----AT-NE -A--QKIMES GGISKMSTG- ....TYGSSI  
H11 A/duck/England/56 -IS--D-SF- --I----M-- E-IGKT---- ---K--PT-- -----TLESE ----LKF-G- LE-NK--V.- TSN.G-GAV-  
H12 A/duck/Alberta/60/76 --V-DD-SLE -LI----K-- LY-NG-E--- ---R-KEME- V----SIENQ ----SLF--I KKY--VKM.- DFT.K-.-VT  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 -VH--D-SFE --IG---A-T SNFGI-E--- LI-D-AAPH- L----ELNNN G---HLF-GI R--S-T-L.I -PT.--.GEV  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 LVDGQD-HLI NGA--S-G-- R-QD.TT-DV FI-R-TAVD. T---F-VP-- QS--SI-A-S G-L-FIAEQ- ....T-NGVK  
H15 A/duck/Australia/341/83 AVD--S-G-L -TII-P-Q-- SH-K.FKADL -I-RR--SD. -----K-TNE -A--QIIRES GGIDKEPMG- ....RYSGIK 160
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 TTKGVTAACS .HAGKSSFYR NLLWLTEK.. EGSYPKLKNS YVNKKGKEVL VLWGIHHPSN SKDQQNIYQN ENAYVSVVTS  
H2 A/Japan/305/57 --.-GSR--A .VS-NP--F- -MV---KE.. GSD--VA-G- -N-TS-EQM- II--V---ID ETE-RTL--- VGT----G--  
H3 A/Aichi/2/68 QN.-GSN--K .RGPG-G-FS R-N---KS.. GST--V-NVT MP-NDNFDK- YI-------T NQE-TSL-VQ ASGR-T-S-R  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 QN.-KSG--K .R-NVND-FN R-N---KS.D GNA--LQNLT K--NGDYAR- YI--V----T DTE-T-L-K- NPGR-T-S-Q  
H5 A/HongKong/156/97 ASS--SS--P .YL-R---F- -VV--IK-.. NSA--TI-R- -N-TNQEDL- ----V---ND AAE-TKL--- PTT-I--G--  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 -NN---R--P .DNSG----- ----I-KT.N SAA--VI-GT -N-TGNQPI- YF--V---PD TNA-N-L-GS GDR--RMG-E  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 -N.-A-S--R ..RSG----A EMK--LSNSD NAAF-QMTK- -R-PRN-PA- II--V--SGS ATE-TKL-GS G-KLIT-GS-  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 RS.-TSK--N AST-GQ---- SIN---K-.E PDT-DFNEGA ---NEDGDII F-------PD T-E-TTL-K- A-TLS--T-N  
H9 A/HongKong/1074/99 Y-.-TSR--- .....G---- SMR---Q-.. S-F--VQDAQ -T-NR--SI- FV------PT YTE-T-L-IR NDTTT--T-E  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 -SA-T-K--M .RN-GD---A E-K--VS-TK GQNF-QTT-T -R-TDTA-H- II-------S TQEKNDL-GT QSLSI--ES-  
H11 A/duck/England/56 SGV------K .FG-SN--F- -MV--IHQ.. S-T--VI-RT FN-T--RD-- IV------AT LTEH-DL-KK DSS--A-GSE  
H12 A/duck/Alberta/60/76 Y-.-TSK--N NTSNQG---- SMR---L-.. S-QF-VQTDE -K-TRDSDIV FT-A----PT -DE-VKL-K- PDTLS--T-V  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 LD.-T-S--R DNT-TN---- --V-FIK-.. NNR--VISKT -N-TT-RD-- --------VS VDETKTL-V- SDP-TL-S-K  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 VD.-SSS--L .RG-RN--FS R-N---KA.T N-N-GPINVT KE-TGSYVR- Y---V----S DNE-TDL-KV ATGR-T-S-R  
H15 A/duck/Australia/341/83 -D.-A-S--K ..RTV----S EMK--LSSKA NQVF-Q-NQT -R-NRKEPA- IV--V--S-S LDE-NKL-GA G-KLIT-GS- 240
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 NYNRRFTPEI AERPKVRDQA GRMNYYWTLL KPGDTIIFEA NGNLIAPRYA FALSRGF... .....GSGII TSNASM.HEC  
H2 A/Japan/305/57 TL-K-S---- -T----NG-G ---EFS---- DMW---N--S T------E-G -KI-KRG... .....S---M KTEGTL.EN-  
H3 A/Aichi/2/68 RSQQTII-N- GS--W--GLS S-ISI---IV ----VLVINS --------.G YFKM-TG... .....K-S-M R-D-PI.DT-  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 TSQTSVV-N- GS--W--GLS S-ISF---IV E---L-V-NT I-------.G HYKLNSQ... ....KK-T-L NTAVPI.GS-  
H5 A/HongKong/156/97 TL-Q-LV--- -T----NG-S ---EFF--I- --N-A-N--S ---F---E-- YKIVKKG... .....D-T-M K-ELEY.GN-  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 SM-FAKG--- SA--V-NG-R --ID---SV- Q--E-LNV-S -------W-- YKFVSTN... ....SKGAVF K--LPI.EN-  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 K-QQS---SP GA--Q-NG-S --IDFH-L-- D-N--VT-TF --AF---DR- SFFRGES... ......L-VQ SDVPLD.SG-  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 TI--S-Q-N- GP--L--G-Q ---D---GI- -R-E-LKIRT -------EFG YL-KGES... ....Y-RI-Q NEDIPI.GN-  
H9 A/HongKong/1074/99 DL--T-K-V- GP--L-NGLQ --ID---SV- ---Q-LRVRS -------W-G HV--G-S... .....HGR-L KTDLKS.GN-  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 T-QNN-V-VV GA--Q-NG-S --IDFH---V Q---N-T-SD --G----SRV SK-TGRD... ......L--Q SEALID.NS-  
H11 A/duck/England/56 T--------- NT--R-NG-- ---TF--KIV ---ES-T--S --AFL----- -EIVSVG... .....NGKLF R-ELNI.ES-  
H12 A/duck/Alberta/60/76 EI--S-K-N- GP--L--G-Q ---D---AV- ---Q-VKIQT -------E-G HLITGKS... .....HGR-L KN-LP-.GQ-  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 SWSEKYKL-T GV--GYNG-R SW-KI--S-I H--EM-T--S --GFL----G YIIEEYG... .....KGR-F Q-RIR-.SR-  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 SDQISIV-N- GS--R--N-S --ISI----V N---S---NS I-------GH YKI-KST... .....K-TVL K-DKRI.GS-  
H15 A/duck/Australia/341/83 K-QQS-S-SP GD----NG-- --IDFH-M-- D----VT-TF --AF---DR- TF-RSNAPSG VEYNGK-LG- Q-D-QIDES- 320
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 NTKCQTPLGA INSSLPFQNI HPVTIGECPK YVRSAKLRMV TGLRNIPSIQ S........R GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG  
H2 A/Japan/305/57 E--------- --TT---H-V --L------- --K-E--VLA -----V-Q-E -........- ---------- ----Q--V--  
H3 A/Aichi/2/68 ISE-I--N-S -PNDK----V NKI-Y-A--- --KQNT-KLA --M--V-EK- T........- ---------- -N--E-----  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 VS--H-DK-S -STTK----- SRIS--D--- --KQGS-KLA --M----EKA T........- ---------- -N--Q-L---  
H5 A/HongKong/156/97 -------M-- ----M--H-- --L------- --K-NR-VLA -----T-QRE ....RRRKK- ---------- ----Q--V--  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 DAT---IA-- LRTNKT---V S-LW--K--- --K-ES--LA -----V-Q-A T........- ---------- ------LV--  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 EGD-FHSG-T -V-------- N-R-V-K--R --KQTS-LLA --M--V-ENP KQAYQKQMT- ---------- -N--E-L---  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 ------YA-- ----K----A SRHYM----- --KK-S--LA V----T--VE P........- ---------- ----S-----  
H9 A/HongKong/1074/99 VVQ---EK-G L--T---H-- SKYAF-T--- ---VNS-KLA V----V-ARS -........- ---------- ----P-LVA-  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 ES--FWRG-S --TK-----L S-R-V-Q--- --NQRS-LLA --M--V-EVV QG.......- ---------- -N--E--V--  
H11 A/duck/England/56 S-----EI-G --TNKS-H-V -RN---D--- --NVKS-KLA --P--V-A-A -........- ---------- ----P-L-N-  
H12 A/duck/Alberta/60/76 V-E--LNE-V M-T-K----T SKHY--K--- -IP-GS-KLA I----V-QV- D........- ---------- ----P-LVA-  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 ------SV-G --TNRT---- DKNAL-D--- -IK-GQ-KLA -----V-A-S N........- ---------- ----P-L-N-  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 TSP-L-DK-S -Q-DK----V SRIA--N--- --KQGS-MLA --M----GK- A........K ---------- -N--Q-L---  
H15 A/duck/Australia/341/83 EGE-FYSG-T ---P------ DSWAV-R--R --KQSS-PLA L-MK-V-EKI HT.......- ---------- -N--E-L--- 400
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN IQFTAVGKEF NKLEKRMENL NKKVDDGFLD IWTYNAELLV  
H2 A/Japan/305/57 ------S-D- -------KE- --K-FD---- ---------- T--E------ GN--R-L--- --RME----- V---------  
H3 A/Aichi/2/68 ---FR---SE -T-Q---L-- --A--DQ-NG -L-R----T- EK-HQIE--- SEV-G-IQD- E-Y-E-TKI- L-S-------  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 ---FR---AE -T-T---L-- --A--DQ-NG -L-RL---P- EKYHQIE--- EQV-G-IQD- E-Y-E-TKI- L-S-------  
H5 A/HongKong/156/97 ------S--- --C-S--KE- --K--D-V-- ----I-N--- T--E---R-- -N--R-I--- ---ME----- V---------  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 ------E-S- -------RE- --K--D---- ----I-D--- T--E--DH-- SN--R-ID-M --RME----- V---------  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 ---FR---A- -E-T---Y-- --S--DQ--G -L-RL-D-T- Q--ELIDN-- SEI-QQIG-V INWTR-SMTE V-S-------  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 ---F--S-SE -T-M------ --E--DK--- ---NIVD--- RE-EV-NH-- SEV---INMI -D-I--QIE- L-A-------  
H9 A/HongKong/1074/99 ---FQ-S-D- -V-M---RD- --K--DK--S ---NIVD--- K-YEIIDH-- SEV-T-LNMI -N-I--QIQ- V-A-------  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 ---FR---A- -T-Q---Y-- --A--DQ--G -L-RL---T- TE-ESIES-- SET-HQIG-V INWTK-SIT- ----------  
H11 A/duck/England/56 ---FQ-RD-E -T-I---KE- --K--DQ--S ---NIVDR-- TN-ES-QH-- SEI-E-INQ- S-H---SVV- --S---Q---  
H12 A/duck/Alberta/60/76 ---FQ---AE -T-I---RD- --R--DNMQ- -L-N--D--- K--EV-NH-- SEV-S-INMI -S-I--QIT- --A-------  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 ---FQ----- -T-I---KE- --K--DQ--T -I-NI-D--- GNYDSIRG-- -QV---INM- ADRI--AVT- --S---K---  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 ---FR---AE -T-T---L-- --A--DQ-NG -L-RL---T- EKYHQIE--- EQV-G-IQD- E-Y-E-TKI- L-S-------  
H15 A/duck/Australia/341/83 ---FR---A- -Q-T---Y-- --A--DQ--G -L-RL---T- T--ELIDN-- TEV-QQIG-V INWTR-SLTE --S------- 480
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 LLENERTLDF HDSNVKNLYE KVKSQLKNNA KEIGNGCFEF YHKCDNECME SVRNGTYDYP KYSEESKLNR EKVDGVKL.E  
H2 A/Japan/305/57 -M-------- ---------D --RM--RD-V --L------- -----D---N --K------- --E------- NEIK----.S  
H3 A/Aichi/2/68 A---QH-I-L T--EMNK-F- -TRR--RE-- E-M-----KI ------A-I- -I------HD V-RD-ALN-- FQIK--E-..  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 A---QH-I-V T--EMNK-F- R-RH--RE-- EDK------I F-Q---S-I- -I------HD I-RD-AIN-- FQIQ----..  
H5 A/HongKong/156/97 -M-------- ---------D --RL--RD-- --L------- ---------- --K------- Q----AR--- -EIS----.-  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 ---------L --A---S-H- ------RD-- NDL------- W-------I- --K----N-- --HD------ Q-IES---.-  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 AM--QH-I-L A--EMNK--- R-RK--RE-- E-D-T----I F----DQ--- -I--N---HT Q-RT--LQ-- IQI-P---..  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 ----QK---E --------FD E--RR-SA-- IDA-----DI L--------- TIK-----HK E-E--A--E- S-IN----.-  
H9 A/HongKong/1074/99 ----QK---E --A--N---N ---RA-GS-- M-D-K----L -----DQ--- TI-----NRR --R---R-E- Q-IE----.-  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 AM--QH-I-M A--EML---- R-RK--RQ-- E-D-K----I --T--DS--- -I--N---HS Q-R--AL--- LNINP---..  
H11 A/duck/England/56 -----K---L -----R--H- --RRM--D-- -DE-----T- ------K-I- R-------HK EFE----I-- QEIE----DS  
H12 A/duck/Alberta/60/76 ----QK---E --A--R--HD R-RRV-RE-- IDT-D----I L-----N--D TI-----NHK E-E----IE- Q--N----..  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 ----DK---M --A-----H- Q-RRE--D-- IDE------L L---NDS--- TI------HT E-A-----K- QEI--I--KS  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 A---QH-I-V T--EMNK-F- R-RR--RE-- EDQ------I F-Q---N-I- -I------HN I-RD-AIN-- I-INP-T-..  
H15 A/duck/Australia/341/83 AM--QH-I-L A--EMNK--- R-RR--RE-- E-D-T----I F-R--DQ--- -I--N--NHT E-RQ-ALQ-- IMINP---.. 560
Subtype Strain Alignment Column
H1 A/PuertoRico/8/34 SMGIYQILAI YSTVASS.LV LLVSLGAISF WMCSNGSLQC RICI  
H2 A/Japan/305/57 ---V------ -A---G---S -AIMMAG--- ---------- ----  
H3 A/Aichi/2/68 .KSG-KDWIL WISF-I-CFL -C-V-LGFIM -A-QR-NIR- N---  
H4 A/Swine/Ontario/1911-1/99 .IQG-KDIIL WFSFSI-CFL -VAL-L-FIL -A-Q--NIR- Q---  
H5 A/HongKong/156/97 ---T----S- ---------A -AIMVAGL-L ---------- ----  
H6 A/Chicken/California/6643/2001 NL-V------ ----S----- -VGLII-MGL -------M-- ----  
H7 A/chicken/BritishColumbia/04 .SSG-KDIIL WFSFGA-CFL --AIAMGLV- ICIK--NMR- T---  
H8 A/turkey/Ontario/6118/68 ENTT-K--S- -----A---C 蠥ILIAGGLI LGMQ---CR- MF--  
H9 A/HongKong/1074/99 -E-A-K--T- ---------- -AMGFA-FL- -AM----CR- N---  
H10 A/Chicken/Germany/N/49 .SSG-KDIIL WFSFGE-CF- --AVVMGLV- FCLK--NMR- T---  
H11 A/duck/England/56 -GNV-K--S- --CI------ -AALIMGFM- -A-----CR- T---  
H12 A/duck/Alberta/60/76 EENSTYKILS IYSSVA-S-- --LMIIGGFI FG-Q--NVR- TF--  
H13 A/ring-billedgull/Maryland/704/77 EDNV-KA-S- --CI----V- -VGLILSFIM -A--S-NCRF NV--  
H14 A/Mallard/Gurjev/263/82 .TMG-KDIIL WISFSM-CF- FVALILGFVL -A-Q--NIR- Q---  
H15 A/duck/Australia/341/83 .S-G-KDVIL WFSFGA-CVM --AIAMGLI- MCVK--N-R- T--- 604

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