GISAID: 美國奶牛和家禽中流行的H5N1禽流感

自2024年3月以來,高致病性禽流感(HPAI)病毒的2.3.4.4億支在世界各地的野生和家禽中爆發,繼續在美國各地的奶牛場傳播,迄今已報告45例人類病例。這些高致病性禽流感病毒導致60多種哺乳動物(主要是食肉動物)在食用受感染的屍體後的發病和死亡。盡管奶牛沒有被認為有感染的風險,但美國目前的疫情表明流感仍然是不可預測的。
奶牛的接觸途徑和病毒傳播方式仍然未知。在生牛奶中發現了高濃度的病毒RNA。奶牛場和家禽場的幾種動物以及越來越多的農場工人受到影響。美國農業部動植物衛生檢驗局的數據顯示,受感染奶牛、其他動物和農場工人體內的病毒密切相關。到目前為止,只有一名農場工人發現了哺乳動物適應標志物(E627K),幾乎所有農場工人都出現了輕微的眼部症狀和呼吸道症狀。
通過GISAID EpiFlu共享了從至少18個州的哺乳動物和鳥類標本中收集的本次疫情的1000多個完整病毒基因組序列。這包括美國疾病控制與預防中心提供的從加利福尼亞州農場工人和華盛頓州家禽農場工人收集的樣本數據。對於後者,似乎NA片段可能是從2023年在美國流行的禽H1N1毒株中重組的。
自11月1日上次更新以來,美國農業部已提供了在美國收集的99個標本的數據。盡管這些提交的材料只提供了收集年份和美國作為一個地點,但系統發育樹將其中幾份放在加利福尼亞州收集的人類標本附近。基於代表性子樣本的最新進化樹可追溯到2024年11月8日。