與美國H5N1乳牛疫情相關的首例人類H5N1流感病例於2024年4月被確認。美國疾病控制與預防中心（CDC）對該疫情的響應在數天後啟動，並持續到2025年7月。在此期間，共檢測到70例H5N1人類感染病例，這些病例與不同的暴露來源存在一系列流行病學聯系。對人類樣本進行的下一代測序（NGS）是跟蹤和分析疫情演變的有效機制。由於樣本的重要性及其物理品質的不穩定性，實驗室采用了多種方法，包括流感分段特異性擴增、富集捕獲、短讀長讀測序。結合這些方法可以生成高質量的基因組數據，並實現快速周轉-通常從樣本接收到公共數據庫提交僅需2天（？？）。通過利用重複測序、富集捕獲和診斷擴增子測序，可以直接從通常被認為太弱而無法進行常規病毒學監測測序的人類臨床樣本中生成有價值的基因組數據。生成的組裝結果由美國疾病控制與預防中心（CDC）進行表征和分析，並與地方及州公共衛生部門共享，以促進病例調查和風險評估。這些數據還被用於對人類病例中的病毒進行系統發育分析，以研究可能的動物到人類的傳播事件，並識別疫情中的群體聚集情況，這可能指示暴露類型的趨勢。通過靈活的實驗室工作流程和病毒基因組數據的快速發布，公共衛生風險緩解策略能夠實時進行評估和調整。