自2021年以來，高致病性（HPAI）H5N1病毒在美洲各地傳播，通過重新組合成新的基因型而多樣化，這些基因型已經傳播到人類和牲畜中，引發了人們對新流感大流行的擔憂。流行病譜系通常與重組有關，但我們目前對重組預計何時何地發生的了解有限，這限制了我們評估流行病風險的能力。利用9052個全基因組序列的數據集，我們發現重組和新基因型形成與低致病性禽流感（LPAI）病例的季節性變化以及病毒傳播的空間和宿主分布有關。我們確定鴨子、鵝和中央遷徙道是新基因型的常見來源，並表明重組率隨季節變化，這是由高致病性和低致病性病毒的混合驅動的。牛的溢出基因型（B3.13和D1.1）在高度重組期間進化，這意味著重組在特定時期進化的譜系中很常見。這些發現共同將重組重新定義為一個可預測的生態過程，對如何設計監測和流行病風險評估具有直接影響。