廢水測序在追蹤人口稠密地區感染性病原體在空間和時間上的傳播方面，正成為一種越來越有價值的工具。通過這種方法可以輕松檢測的病原體之一是甲型流感病毒，該病毒在北美的冬季月份通常具有可預測的流行模式。在此，我們利用加利福尼亞北部某市廢水處理廠的常規監測，描述了甲型流感病毒濃度的非典型季節性激增，其水平可與冬季呼吸道病毒季節相媲美。基於通過混合捕獲測序生成的宏基因組數據，我們組裝並隨後表征了分化的流感基因組片段，這些片段似乎主要來自禽類H16譜系。這些株與從候鳥中分離的流感病毒具有密切的進化關系，暗示了潛在的宿主物種及其地理傳播機制。對讀取豐度的分析表明，這些禽類毒株在夏季流行的流感病毒池中占主導地位，而典型的人類感染菌株基本不存在。總體而言，我們的結果擴大了汙水測序的價值，使其能夠敏感地跟蹤人類聚居區毗鄰野生地區的界面區域內動物的疫情，從而提高整體的流行病防備能力。