有利突變的選擇推動了季節性流感流行期間顯性變異的出現。然而，在宿主內檢測到這種變異仍然很少見，這限制了我們對選擇如何在個體宿主規模上運作的理解。在這項研究中，我們使用受控的人類感染模型來檢查13名鼻內感染季節性H3N2甲型流感病毒的參與者的宿主內進化動力學。雖然這項臨床試驗正在進行中，但我們的工作代表了預先計劃的，中期的探索性分析。該系統的結果與雪貂感染模型中觀察到的結果進行了對比。用於人類和雪貂的接種物具有站立的多樣性，可以評估感染期間的變異軌跡。盡管參與者之間的動態變化不盡相同，但在人類中，隨著感染的進展，PA和NP基因片段的次要變異頻率往往會增加。雪貂的變異動力學更為一致，但在次要NP等位基因的命運上與人類有所不同。基於這些觀察結果，我們將種群遺傳模型擬合為變異頻率的縱向測量。變異選擇系數和有效病毒種群大小的估計表明，在人類中，兩個次要變異比主要變異具有選擇性優勢，但遺傳漂移很強，限制了選擇的效率。在雪貂中，PA次要變體也被估計具有選擇性優勢，而NP次要變體被估計具有選擇性劣勢。此外，據估計，雪貂的有效病毒種群規模要比人類高得多，這表明雪貂的遺傳漂移較弱。我們的分析揭示了在人類和雪貂宿主中作用於流感病毒的不同選擇性環境，並表明宿主內水平的選擇因遺傳漂移而減弱。