高通量測序目前正在徹底改變基因組學領域，並為微生物的檢測和表征提供了新的方法。本研究的目的是使用兩個測序平台（MiSeq 和 Nanopore （GridION））和物種特異性qPCR評估牛呼吸道樣本中D型流感病毒（IDV）的檢測。對232個樣本（116個鼻拭子和116個氣管沖洗液）進行了IDV特異性qPCR，這些樣本之前曾使用 MiSeq 進行過病毒組測序。通過MiSeq或qPCR對 19個IDV陽性樣品進行納米孔測序。納米孔序列數據通過兩種生物信息學方法進行分析：What´s In My Pot（WIMP，在 EPI2ME 平台上）和內部開發的分析管道。qPCR與MiSeq的IDV檢測一致性為82.3%，qPCR與Nanopore的一致性為57.9%（內部）和84.2%（WIMP），MiSeq與Nanopore的一致性為89.5%（內部）和73.7%（WIMP）。盡管對 50 個樣本進行了多重測序，但在17個IDV qPCR 陽性樣本中的14個樣本中，MiSeq 檢測到IDV，Cq（循環定量）值低於31。當以qPCR為金標准時，MiSeq序列檢測的靈敏度和特異度分別為28.3%和98.9%。我們得出的結論是，MiSeq 和 Nanopore 測序都能夠檢測臨床標本中具有一系列Cq值的IDV。通過優化序列數據分析、提高病毒富集或降低多重程度，可以進一步提高靈敏度。