使用VADR進行流感序列驗證和注釋

每年有數萬個流感序列被存入GenBank數據庫。自2007年以來,GenBank一直在使用軟件工具FLu-ANnotation工具(FLAN)來驗證和注釋傳入的流感序列提交,該工具已作為網絡服務器公開提供,但不是獨立工具。病毒注釋定義R(VADR)是GenBank用於諾如病毒、登革熱病毒和嚴重急性呼吸系統綜合征冠狀病毒2型病毒序列處理的通用序列驗證和注釋軟件包,可作為獨立工具使用。我們基於FLAN參考序列創建了VADR流感模型,並調整了VADR以准確注釋流感序列。VADR和FLAN在絕大多數流感序列上顯示出一致的結果,當它們不一致時,VADR通常是正確的。VADR還可以准確地處理D型流感序列以及甲型流感H17、H18、H19、N10和N11亞型序列,而FLAN不能。VADR 1.6.3和相關的流感模型現在可供用戶免費下載和使用。
數據庫URL:https://bitbucket.org/nawrockie/vadr-models-flu