高致病性禽流感（HPAI）病毒的2.3.4.4b分支在世界各地的野生和家禽中爆发，继续在美国各地的奶牛、家禽和其他动物中传播。自4月以来，美国疾病控制与预防中心通过基因组序列分析确认了58例人类病例。其中三例，在实验室测试中发现氨基酸替代NA-S247N可能会略微降低对神经氨酸酶抑制剂奥司他韦的敏感性。美国疾病控制与预防中心还发现，从加利福尼亚州最近确诊的H5N1禽流感病例中采集的病毒聚合酶酸性（PA）蛋白发生了不同的变化。
目前的疫情证实了高致病性禽流感病毒的不可预测性，因为奶牛的接触途径和病毒传播方式仍然未知。在生牛奶中发现了高浓度的病毒RNA。奶牛场和家禽场的几种动物以及越来越多的农场工人受到影响。美国农业部动植物卫生检验局的数据显示，受感染奶牛、其他动物和农场工人体内的病毒密切相关。到目前为止，只有一名农场工人发现了哺乳动物适应标志物（E627K），几乎所有农场工人都出现了轻微的眼部症状和呼吸道症状。尽管EpiFlu上已经提供了1000多个来自此次疫情的基因组，但缺乏及时共享从农场动物收集的可操作数据仍然是一个令人担忧的问题。
12月9日，美国疾病控制与预防中心提供了11月12日在加利福尼亚州收集的一例人类病例的样本数据，该序列与早些时候的加利福尼亚州样本密切相关。此前，美国疾病控制与预防中心提供了11月7日至18日在加利福尼亚州收集的7例人类病例和11月5日在俄勒冈州收集的1例人类病例的样本数据。虽然加利福尼亚州的病例似乎与奶牛身上收集的病毒密切相关，但俄勒冈州的病例与华盛顿州家禽养殖场工人的病例在遗传树分析时聚集在一起。
12月7日，美国农业部公布了10月22日在俄勒冈州收集的一例猪的第一个样本数据，此外还有9月16日在加利福尼亚州收集的两个奶牛样本。美国农业部还公布了几例禽类和362头奶牛的病例，只给出了2024年的采集日期和美国的采集地点。如前所述，聚集在加利福尼亚州序列附近的几个奶牛标本确实在以前与宿主受体结合变化相关的位置上存在HA S110N氨基酸置换。基于代表性子样本的最新遗传树分析可追溯到2024年12月9日。