GISAID: 美国奶牛和家禽中流行的H5N1禽流感

自2024年3月以来,高致病性禽流感(HPAI)病毒的2.3.4.4亿支在世界各地的野生和家禽中爆发,继续在美国各地的奶牛场传播,迄今已报告45例人类病例。这些高致病性禽流感病毒导致60多种哺乳动物(主要是食肉动物)在食用受感染的尸体后的发病和死亡。尽管奶牛没有被认为有感染的风险,但美国目前的疫情表明流感仍然是不可预测的。
奶牛的接触途径和病毒传播方式仍然未知。在生牛奶中发现了高浓度的病毒RNA。奶牛场和家禽场的几种动物以及越来越多的农场工人受到影响。美国农业部动植物卫生检验局的数据显示,受感染奶牛、其他动物和农场工人体内的病毒密切相关。到目前为止,只有一名农场工人发现了哺乳动物适应标志物(E627K),几乎所有农场工人都出现了轻微的眼部症状和呼吸道症状。
通过GISAID EpiFlu共享了从至少18个州的哺乳动物和鸟类标本中收集的本次疫情的1000多个完整病毒基因组序列。这包括美国疾病控制与预防中心提供的从加利福尼亚州农场工人和华盛顿州家禽农场工人收集的样本数据。对于后者,似乎NA片段可能是从2023年在美国流行的禽H1N1毒株中重组的。
自11月1日上次更新以来,美国农业部已提供了在美国收集的99个标本的数据。尽管这些提交的材料只提供了收集年份和美国作为一个地点,但系统发育树将其中几份放在加利福尼亚州收集的人类标本附近。基于代表性子样本的最新进化树可追溯到2024年11月8日。