自2024年4月以来，高致病性禽流感（HPAI）病毒在世界各地的野生和家禽中爆发，至少在美国几个州的奶牛场出现，迄今为止报告了14例人类病例。这些病毒最近在食用受感染的尸体后，导致60多种哺乳动物（主要是食肉动物）发病和死亡。尽管直到最近奶牛才被认为有感染的风险，但目前的疫情表明流感仍然是不可预测的。
这些奶牛的接触途径和病毒传播方式仍然未知。在生牛奶中发现了高浓度的病毒RNA。奶牛场和家禽场的几种动物以及越来越多的农场工人受到了影响。美国农业部动植物卫生检验局在GISAID上发布的初步数据显示，这些奶牛、其他动物和农场工人体内的病毒密切相关。到目前为止，只有一名农场工人发现了哺乳动物适应标志物（E627K），所有农场工人都患有结膜炎。在最近的人类病例中，工人出现了轻微的眼部症状和呼吸道症状。
迄今为止，GISAID EpiFlu已提供了从至少18个州的哺乳动物和鸟类标本中收集的本次疫情的1000多个完整病毒基因组序列。自2024年9月17日上次更新以来，美国农业部已提交了2024年5月8日在密歇根州收集的3个新标本。基于代表性子样本的最新树木可追溯到2024年9月26日。
该系列包括许多来自奶牛的病毒序列，但也包括在家禽、野鸟、小鼠、猫和其他哺乳动物以及最近的人类感染中检测到的密切相关的病毒。尽管遗憾的是，最近的数据集中缺少采样日期和位置等元数据，但现有数据可以密切关注病毒适应新宿主可能导致的突变。

进化树分析显示，密苏里州无直接传染源的H5N1病例的NA片段序列似乎与数月前爱达华州的牛奶样本中检出的H5N1病毒NA片段序列接近。