甲型流感病毒在病毒核糖核蛋白（vRNP）复合物的背景下，在细胞核内复制其分段的RNA基因组。新合成的vRNPs被输出到细胞质以进行病毒颗粒组装，而结构上相似的互补核糖核蛋白（cRNPs），作为复制中间体发挥功能，则不会被纳入病毒颗粒。这种选择性的分子基础仍不清楚。在本研究中，通过结合启动子诱变、单分子荧光原位杂交（smFISH）、类病毒颗粒（VLP）实验和低温电子显微镜（cryo-EM），我们发现cRNPs被保留在细胞核内，并且输出能力由启动子结构决定，其中单链3′端启动子区域的长度是主要贡献特征，启动子序列和双链结构则进一步调节输出效率。携带具出口能力启动子的cRNPs被整合进类病毒颗粒中，显示了核输出与包装能力之间的功能性联系。冷冻电镜分析显示，3′ vRNA和cRNA启动子都结合到聚合酶的共同表面位点，但与不同的聚合酶构象景观相关，只有vRNA启动子与聚合酶的包膜酶构象兼容。综合来看，我们的研究结果确定了一个依赖启动子的检查点，将RNA启动子结构和聚合酶构象与RNP出口及包装联系起来。这些结果表明，流感病毒在细胞核中启动基因组选择，并揭示核输出是基因组选择的早期步骤。