废水基因组监测为检测人类和动物甲型流感病毒（IAV）提供了契机。我们旨在建立一种不依赖亚型的IAV基因组监测框架，以从多种宿主体内回收IAV并估算各亚型的比例。在2024-2025流感季节，我们在加利福尼亚州多个地点对废水进行了IAV基因组监测，并将这些数据与现有的人类临床IAV序列及检测阳性率进行了比较。我们采用了一套定制的全基因组多宿主IAV探针富集面板，并对自定义的期望最大化（EM）算法进行了改进，以解析废水中的IAV混合物并推断亚型的相对丰度。通过RT-PCR基法定量测定了甲型流感病毒（IAV）的绝对浓度。进一步通过构建全基因组最大似然系统发育树对H5N1废水和临床序列进行特征分析。最后，我们进行变异分析以检测废水中的氨基酸替换。本研究的IAV探针富集方法与EM算法成功富集了三种流行IAV亚型的所有八个片段，并准确估算出混合IAV样本中亚群的相对丰度。在研究期间，季节性人类H1N1pdm09和H3N2病毒均通过废水和临床测序数据被检测到，其中H1N1亚群6B.1A.5a.2a.1和6B.1A.5a.2a共循环，而H3N2则以亚群3C.2a1b.2a.2a.3a.1为主。废水监测在三个监测的废水地点持续检测到H5N1分支2.3.4.4b，而来自加利福尼亚州任何地方的临床H5N1检测都是零星和罕见的。全基因组系统发育分析显示，废水H5N1序列与奶牛和鸟类感染相关的参考序列聚类，而所有人类临床H5N1序列仅与奶牛感染相关的参照序列聚类。在病毒片段中发现了氨基酸替换，从废水样本中没有观察到与哺乳动物适应相关的突变。