与美国H5N1乳牛疫情相关的首例人类H5N1流感病例于2024年4月被确认。美国疾病控制与预防中心（CDC）对该疫情的响应在数天后启动，并持续到2025年7月。在此期间，共检测到70例H5N1人类感染病例，这些病例与不同的暴露来源存在一系列流行病学联系。对人类样本进行的下一代测序（NGS）是跟踪和分析疫情演变的有效机制。由于样本的重要性及其物理品质的不稳定性，实验室采用了多种方法，包括流感分段特异性扩增、富集捕获、短读长读测序。结合这些方法可以生成高质量的基因组数据，并实现快速周转-通常从样本接收到公共数据库提交仅需2天（？？）。通过利用重复测序、富集捕获和诊断扩增子测序，可以直接从通常被认为太弱而无法进行常规病毒学监测测序的人类临床样本中生成有价值的基因组数据。生成的组装结果由美国疾病控制与预防中心（CDC）进行表征和分析，并与地方及州公共卫生部门共享，以促进病例调查和风险评估。这些数据还被用于对人类病例中的病毒进行系统发育分析，以研究可能的动物到人类的传播事件，并识别疫情中的群体聚集情况，这可能指示暴露类型的趋势。通过灵活的实验室工作流程和病毒基因组数据的快速发布，公共卫生风险缓解策略能够实时进行评估和调整。