北美H5N1禽流感分类工具:GenoFlu

GenoFLU工具用于对北美鸟类迁徙途径中检测到的高致病性禽流感H5N1/鹅/广东分支2.3.4.4b病毒进行分类。该工具考虑了所有八个基因片段,可以对与北美低致病性病毒重组的2.3.4.4b分支病毒进行分类。GenoFLU工具是利用主要在美国境内检测到的参考文献为北美开发的。A1 GenoFLU基因型对应于欧洲国家参考实验室(EURL)基因型“C”,这是一种欧亚维根/荷兰样病毒,在A1病毒最初在纽芬兰被鉴定时占主导地位。
使用GenoFLU,H5 2.3.4.4b病毒的完全欧亚和不同引入用序列号“A”表示。基因型A1欧亚病毒在最初引入时与北美低致病性病毒重新分类,用“B”表示,A2病毒引入的重新分类用“C”表示。迄今为止,还没有观察到其他欧亚大陆引入美国的(“A”基因型)与北美病毒重组。GenoFLU系统还确保了共享共同谱系的病毒可以被分类。例如,B3基因型包括13个不同的重组子,分别标记为B3.1至B3.13,除了共享的北美片段外,每个基因型还共享一个共同的HA/NA系统发育。随着新星座的识别,次要基因型被连续分配(而不是重复使用),并且在满足特定标准的情况下,可以用正式的基因型重新分配。命名基因型被分配,因为它们符合至少20种野鸟检测和/或两种或多种家禽场所感染的标准。非典型宿主物种等异常事件也可能促使命名基因型的建立。
GenoFLU工具旨在识别北美H5 2.3.4.4b病毒的基因型,并在序列不属于特定基因型时提供单个片段的信息。该工具的输入应该是高质量、高覆盖率的序列,所有八个片段都存在。混合碱基的数量应该较低,因为混合序列可能会导致异常的基因型调用。FASTQ和FASTA序列数据都可以输入到工具中;然而,FASTA文件输入不会生成关于平均覆盖深度的统计数据,应注意使用高质量的序列。